마이스터 아카데미 과정은 지역 이공계 대학생들의 실무능력을 향상시키는 최첨단 분석기기에 대한 이론과 활용 실무 교육과정이다. 감염병, 식품, 약품 분석 교육, 수질, 대기, 토양, 폐기물 등 실무분야 프로그램들로 구성되어 있다.
이경호 보건환경연구원장은 "연구원에서는 전문교육 인력과 첨단 분석 장비를 좀 더 확충하고, 지역 전문 교육기관들과 네트워크를 구성, 관심과 열정을 가진 청년들이 교육에 참여할 수 있도록 최선을 다할 것이다."라고 밝혔다.